Na porção brasileira os principais formadores do rio Amazonas pela margem direita são os rios Javari, Purus, Madeira, Tapajós e Xingú. Pela margem esquerda contribuem o Iça, Japurá, Negro, Trombetas, Paru e o Jarí.

A porção brasileira apresenta uma área da ordem de 3.843.402 km², compartilhada por sete estados (100% do Acre, Amazonas, Amapá, Rondônia e Roraima, 76,2% do Pará e 67,8% do Mato Grosso). A vazão média de longo período estimada do rio Amazonas é da ordem de 108.982 m³/s (68 % do total do País).

A flora é a característica mais marcante da Amazônia e apresenta grande variedade de formações florestais e de campos, tendo sido identificados 23 diferentes fitofisionomias tidas como floristicamente dissimilares. A Amazônia abriga a maior biodiversidade do planeta, incluindo mais de 1,5 milhão de espécies vegetais catalogadas; 3 mil espécies de peixes; 950 tipos de pássaros; e ainda insetos, répteis, anfíbios e mamíferos. As reservas indígenas envolvem mais de 200 diferentes etnias (60% da população indígena do Brasil) e ocupam aproximadamente 25% da área desta região hidrográfica.

Segundo dados oficiais (INPE), a região, a taxa de desmatamento é extremamente alta, e tem crescido. Até janeiro de 1978 a área desmatada nos estados inseridos na região hidrográfica correspondia a 85.100 km² (2,2% da área total), resultado das ações humanas ao longo de mais de quatro séculos. A partir da data citada ocorreu um incremento significativo na ocupação da região, tendo como resultado desta dinâmica a ampliação das áreas desmatadas. Em 1999 registrava-se uma área desmatada de 440.630 km² (11,7% da área total). Para os anos de 1999 e 2000, as taxas de desflorestamento foram de 17.259 e 19.836 km²/ano, respectivamente. Dados atuais estimam que aproximadamente 15% da vegetação original já foram destruídos.

As maiores demandas pelo uso da água na região ocorrem na unidade hidrográfica do Tapajós, e correspondem ao uso para irrigação (38% da demanda total). A Demanda Urbana representa 17% da demanda da região.  A demanda para dessedentação de animais corresponde a 21% da demanda total. Embora com expressão limitada no contexto nacional, a indústria é responsável por cerca de 5% da demanda regional, destacando-se a cidade de Manaus, na unidade hidrográfica do rio Negro.

A baixa densidade demográfica associada a um desenvolvimento econômico ainda incipiente e a alta disponibilidade hídrica fazem com que a região não apresente problemas de disponibilidade hídrica em grande escala. No entanto, a riqueza do bioma amazônico, sua fragilidade e interação com os ecossistemas aquáticos determinam um alto potencial de impacto sobre os recursos hídricos para grande parte das ações desencadeadas no espaço geográfico da região.