Nesta região hidrográfica se observa uma das maiores evoluções da ação antrópica sobre a vegetação nativa - a Caatinga foi devastada pela pecuária que invadiu os sertões; a Zona da Mata foi desmatada para a implantação da cultura canavieira; enquanto o extrativismo vegetal voltado para exploração do potencial madeireiro representa, ainda hoje, uma das atividades de maior impacto sobre o meio ambiente.

A Zona Costeira do Nordeste é caracterizada pela ausência de grandes rios e a predominância das águas quentes da Corrente Sul Equatorial, as quais determinam um ambiente propício para a formação de recifes de corais, suportando uma grande diversidade biológica.

No litoral do Ceará, Rio Grande do Norte, Paraíba e Pernambuco encontram-se estuários, manguezais e lagoas costeiras dotados de grande biodiversidade e grande riqueza de espécies de interesse econômico que vem sofrendo forte pressão antrópica. No Ceará essas áreas têm sido utilizadas para aqüicultura, sendo marcadas, também, pela pesca predatória, a sobrepesca, a expansão urbana, as indústrias e a falta de saneamento básico. No Rio Grande do Norte os maiores impactos sobre esses ambientes são decorrentes das atividades de carcinicultura, indústria canavieira, esgotos domésticos e hospitalares, além do extrativismo predatório. Nos estados da Paraíba e Pernambuco as ameaças mais importantes são o desmatamento, a especulação imobiliária, agroindústrias, canaviais, os efluentes urbanos e químicos.

O litoral de Alagoas inclui o delta do rio São Francisco, compartilhado com Sergipe, e o Complexo Estuarino-lagunar Mundaú / Manguaba, apresentando grande diversidade de peixes e crustáceos. O primeiro é uma região que necessita de estudos faunísticos e florísticos, por se tratar de uma área pouco comprometida e com baixo grau de ameaça potencial

Em grande parte das áreas o uso e manejo dos solos são inadequados em função de práticas agrícolas inapropriadas, acarretando processos erosivos, salinização e, em alguns casos, formação de áreas desertificadas. Parte significativa das bacias costeiras apresenta vulnerabilidade moderada a acentuada dos solos, a qual constitui-se numa das características da região semi-árida.

As demandas para uso urbano e rural são respectivamente 15 % e 7 % do total da região. A demanda para irrigação responde por 70% do total da região e área irrigada corresponde a 13% da área irrigada do País, sendo quase na sua totalidade composta por projetos privados (97%). A relação entre a disponibilidade e a demanda configura um quadro de baixa segurança hídrica, sobretudo nos períodos de estiagem sazonal.